Abgießen, abschrecken und abtropfen lassen.
Für die Sauce Butter in einem Topf schmelzen, Mehl darin anschwitzen und mit der Brühe und der Milch ablöschen. Den Käse einrühren. Die Sauce mit Salz, Pfeffer und Muskat abschmecken.
Das Kasseler waschen, trocken tupfen und würfeln. Die Zwiebel schälen, halbieren und in dünne Ringe schneiden.
Das Butterschmalz erhitzen und die Zwiebeln darin knusprig braun braten. Einige Zwiebelringe herausnehmen und beiseitestellen. Kasseler, Sauerkraut, Wacholderbeeren, Lorbeerblatt und Kümmel zu den Zwiebeln geben. Bei mittlerer Hitze ca. 5 Minuten dünsten. Mit Salz und Pfeffer würzen.
Sauerkraut, Spätzle und Käsesauce mischen. In eine gefettete Auflaufform geben und die Zwiebeln drüber geben.
Im vorgeheizten Backofen auf der mittleren Schiene bei 200 °C Ober-/Unterhitze (Umluft 175 °C, Gas Stufe 3) ca. 40 Minuten backen. 10 Minuten vor Ende den geriebenen Gouda darüber streuen.
Anstelle von Kasseler kann auch Kochschinken genommen werden.